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针式过滤器在滤膜的选择上需要先要考虑化学相容性，即滤膜是否耐酸、碱、有机溶剂等。过滤样品的特性。适宜选用亲水膜片，适用于过滤水为基质的溶液。可用滤膜为水系膜、尼龙膜。有机、无机化合物样品适用尼龙膜。蛋白溶液样品用低蛋白吸附的滤膜，即PVDF膜。强酸强碱类样品适用疏水性PTFE。
优可发针式过滤器滤膜就是针式过滤器不错的滤膜选择。该薄膜经过纵横双向拉伸而成，是一种新材料，具有抗酸抗碱、抗各种有机溶剂的特点，几乎不溶于所有的溶剂。化学适用性广，针式过滤器滤膜亲水或疏水两种类别都可提供，孔径0.1μm-1μm，过滤精度高，能截留0.02μm以上各种噬菌体、细小菌体和微粒。